Un industriale giapponese, sotto l'influenza della moda americana, decise di iniziare a costruire singoli rifugi atomici, ma non riuscirono a stabilire una produzione di massa e l'unico rifugio costruito fu abbandonato. Cinque anni dopo, la società di costruzioni, usando il bunker come base, fece erigere un edificio a tre piani, il cui retro era adiacente al pendio. In questa casa si stabilì un uomo che lasciò volontariamente la società. Nel recente passato, era il segretario personale di un famoso politico, sposò sua figlia e pubblicizzò rifugi atomici in una società di costruzioni controllata da suo suocero.

Ma un bel giorno, prese dalla moglie un figlio di cinque anni, che i medici consideravano ritardato mentale, e iniziò a vivere con il bambino come un recluso in un rifugio. Lui stesso si è nominato avvocato di coloro che amava di più in questo mondo: alberi e balene. Ha cambiato il suo nome per enfatizzare la sua nuova essenza e ha iniziato a chiamarsi Ooki ("albero possente") Isana ("pesce coraggioso"). È impegnato a guardare le foto delle balene, osservando attraverso il binocolo gli alberi che crescono all'esterno. Per essere più vicino alla natura, fece un buco nel pavimento del bunker di 30 × 30 centimetri e si immerse nel pensiero, mettendo i suoi piedi nudi sulla terra reale. Isana registrò le voci di vari uccelli e suo figlio Dzin imparò a riconoscerli accuratamente: si è scoperto che il ragazzo ha un'audizione insolitamente acuta.

Una volta si verifica un incidente in una pianura paludosa che è visibile dalle finestre di un rifugio. Una ragazza seduce un agente di polizia e le sue amiche lo attaccano e portano via la pistola. Per salvarsi, l'agente seleziona il più debole degli attaccanti e, dopo aver escogitato, si mette una manetta sulla mano, mentre fa clic sulla seconda manetta sulla sua mano. Gli adolescenti picchiano l'agente e il ragazzo cerca di tagliargli la mano per scappare. Un agente di polizia slaccia la manetta e scappa via, e gli adolescenti lo urlano a lungo.

Vedendo che gli alberi erano ricoperti da foglie giovani e sentivano la loro totale sicurezza, Isana, collegata spiritualmente con loro, si sente anche protetta e lascia il rifugio. Lui, come le piante, si sveglia dal letargo e cerca una via d'uscita per l'energia che si è accumulata in lui. Insieme a Jin, sale sull'autobus e va al parco, ma arrivano troppo tardi: il parco è già chiuso e le giostre non funzionano. Al guardiano mancano comunque loro, e in un parco deserto incontrano un gruppo di adolescenti aggressivi, uno dei quali ha una mano bendata. Isana prova una paura non responsabile e ha fretta di tornare al rifugio. Andando al negozio e lasciando Jin a casa da solo, Isana prova anche paura. Ha incubi di notte. Ha la sensazione che il loro rifugio sia sempre sorvegliato. Una volta scopre un disegno sul muro di una casa: un cerchio e una croce. Isana dipinge accanto a questo modello di occhi. Incontra una ragazza vicino a casa sua, che gli offre di dormire nel camerino della famosa attrice in uno studio cinematografico abbandonato, in piedi a distanza dalle pianure paludose. Isana non risponde a nulla e se ne va, e di notte sente il calpestio degli adolescenti sul tetto e si preoccupa per Jin, il cui fragile equilibrio emotivo è così facilmente sconvolto.

Il giorno successivo, Isana osserva attraverso il binocolo le rovine di uno studio cinematografico e vede una ragazza nuda nella finestra del padiglione. All'improvviso nota un gruppo di adolescenti che lo accusano di spiarli. Chiedono perché Isana e Jin vivono qui senza parlare con nessuno. Isana spiega loro che è un avvocato per alberi e balene. Avendo minacciato di rappresaglia, gli adolescenti hanno costretto Isan a lasciare Boy a casa sua, un adolescente la cui ferita ha iniziato a peggiorare, e Inago, la stessa ragazza che ha suggerito a Isan di dormire con lei. Isana va in farmacia per le medicine per il paziente, mentre Inago si prende cura di Jin. Con sorpresa di Isan, la ragazza tratta il bambino con cura e attenzione.

Uno degli adolescenti, Takaki, racconta a Isana dell'albero delle balene. Da bambino, Takaki ha sentito parlare di lui, lo ha sognato, ma non l'ha mai visto. Il nome "Whale Tree" dà a Isan una calda sensazione, e comincia anche a sembrargli che esiste un tale albero. Di ritorno dalla farmacia, Isana cade dalla bicicletta. Gli adolescenti ridono, senza pensare affatto che possa essere ferito. Isana si meraviglia della loro crudeltà. Takaki arriva per Isana in un'auto rubata e continua la storia dell'albero delle balene. Pochi giorni dopo, Takaki mostra a Isana un branco di adolescenti: si stabilirono in uno studio cinematografico abbandonato. Smantellarono la goletta, che uno di loro avrebbe dovuto custodire, in parte lo trascinarono in uno dei padiglioni, e lì lo raccolsero e iniziarono a studiare gli affari marittimi, in modo che in seguito potessero salpare. Gli adolescenti sono uniti nell'Unione dei marinai liberi e vivono proprio qui, attrezzando i cubicoli nel seminterrato.

Vedendo che Takaki portò Isan, la Battaglia, che quasi si riprese e tornò alla goletta, vuole sparare a "questo pazzo": nessun altro dovrebbe sapere della loro cache. Isana non ha paura della morte: Inago si prende così tanto cura del ragazzo che può fare a meno di un padre. Ma Isana deve compiere la sua missione: dire ai nuovi arrivati ​​di altri mondi che non era l'uomo che regnava sulla terra, ma balene e alberi. La lotta ha paura che Isana li riferisca alla polizia, ma tutti gli altri adolescenti sono intrisi di fiducia in Isan e gli offrono di unirsi a loro.

Un uomo soprannominato Korotky, che ha già quarant'anni, tanto che è persino più grande di Isan, dice che a trentacinque anni iniziò improvvisamente a ridursi e si sta ancora riducendo. In effetti, i suoi arti sembrano troppo lunghi rispetto a un corpo eccessivamente corto. Fu mandato in un ospedale psichiatrico, ma fuggì da lì. Non ha posto nel mondo della gente comune e si sente normale in una società di adolescenti. Ascoltando il ragionamento di Isan su alberi e balene, gli adolescenti giungono alla conclusione che ha ciò che gli manca: la capacità di esprimere i loro pensieri in parole. Credono che la sua eccellente padronanza della parola possa essere utile a loro.

Isana confessa ai suoi adolescenti i suoi peccati: quando era il suo segretario di suo suocero, portava i ragazzi da lui, indulgendo alle sue perversioni. Una volta hanno accidentalmente ucciso un ragazzo e da allora Isana non ha conosciuto la pace. Come "specialista in parole", Isan inizia a studiare inglese con adolescenti, scegliendo per questo "Moby Dick" e Dostoevsky in una traduzione inglese. All'inizio, teme che le conversazioni del vecchio Zosima sembrino troppo morali per gli adolescenti, ma ascoltano con grande interesse e la parola "preghiera" le cattura letteralmente. Con sorpresa di Isan, gli adolescenti si sono molto innamorati di Jin e si sono divertiti ad ascoltare musica seria. Isana vive in previsione della fine del mondo e gli adolescenti stanno aspettando il grande terremoto: hanno molto in comune.

Gli adolescenti sono attratti dall'Unione dei marinai liberi da un soldato delle forze di autodifesa: l'amata Inago. Vogliono che insegni loro come maneggiare le armi. Isana chiede a sua moglie Naobi di trovare un posto sulla costa dove lui e i suoi amici possano vivere due o tre settimane. Naobi trova un posto simile per loro a Izu, ma lì Korotky commette un tradimento: fotografa gli esercizi militari dell'Unione dei marinai liberi e vende fotografie al settimanale. Vuole costringere gli adolescenti ad ucciderlo, credendo che il crimine li unirà e trasformerà l'Unione dei marinai liberi in un'organizzazione militare. Gli adolescenti organizzano un processo contro Korotky, durante il quale uno di loro - Tamakichi - ferisce accidentalmente Korotky. Rendendosi conto che la ferita corta è fatale, gli adolescenti decidono di eseguirlo. Ognuno di loro gli lancia una pietra. Isana e il soldato si distinguono. Un soldato, afferrando una mitragliatrice carica e lanciando Inago, sale su una moto e scappa, gli adolescenti inseguono. Uno di loro - Tamakichi - lancia una granata contro una goletta da pesca. La goletta si accende e il sospetto cade sul soldato. Un soldato si suicida. Inago diventa l'amante di Isan, Isan, Dzini, Inago tornano a Tokyo, in rifugio. Lì vengono accolti da adolescenti: stanno distruggendo uno studio cinematografico, non avevano nessun posto dove andare e, dopo aver rotto una finestra, sono saliti nel rifugio di Isan.

Nel padiglione dello studio cinematografico c'è stata solo una battaglia: non ha mai accettato di lasciare la goletta. In modo che non cada nelle mani sbagliate, lo fa esplodere. I lavoratori che hanno distrutto uno studio cinematografico hanno battuto Boy. Tamakichi porta il compagno morente in una clinica all'università di Tokyo e lo lascia in sala giochi. Gli adolescenti stanno meditando su cosa fare dopo. Isana chiede a Naobi di aiutare a ottenere i soldi per la nave per andare in barca a vela con gli adolescenti. Naobi si è nominata per l'elezione e Isana spera che sia più redditizio per lei che suo marito e suo figlio nuotino nel mare, proteggendo le balene, piuttosto che sedersi in un rifugio atomico. Naobi promette di offrire alla società di costruzioni l'acquisto di alloggi e terra da Isan: il ricavato sarà sufficiente per l'impresa pianificata. Nel caso in cui gli adolescenti facciano provviste di cibo - se devono essere assediati, avranno bisogno di loro in un rifugio, ma se devono navigare, li porteranno con sé. Per non mettere in pericolo il bambino, gli adolescenti offrono a Isan e Jin di lasciare il rifugio, ma Isana vuole informare sua moglie che loro e Jin vengono presi in ostaggio, quindi metterà sicuramente una nave a loro disposizione. Le auto della polizia sono visibili dalla finestra del rifugio. Una squadra motorizzata ha circondato l'edificio. Gli adolescenti sparano, la polizia ha sparato gas lacrimogeni. Esortano gli assediati ad arrendersi.

Gli adolescenti stanno aspettando l'arrivo della moglie di Isan. Arriva Naobi, ma afferma che anche in nome della vita di suo figlio, non stipulerà un accordo con i criminali. Gli adolescenti combattono coraggiosamente, ma il potere non è dalla loro parte e muoiono uno dopo l'altro. Diventa chiaro che non hanno più bisogno della nave: non sono ancora riusciti a navigare, perché il navigatore e l'operatore radio sono stati uccisi. Tamakichi intende combattere fino alla fine, ma non vuole che l'Unione dei Free Mariners scompaia senza lasciare traccia. Invita Takaki a partire e rianimarlo. Isana si dimette da specialista secondo la Union of Free Mariners, ora è pienamente impegnato nei doveri di avvocato di balene e alberi. Takaki ammette che la sua storia sull'albero di balena è una finzione, ma Isana obietta che, non appena può non andare a casa di Takaki ed esserne convinto, nulla gli impedisce di credere che l'albero di balene esista. Takaki con una bandiera bianca lascia il rifugio, seguito da Inago con Jin tra le braccia e un medico (un ex studente di un istituto di medicina). Mentre vanno in macchina, la polizia li ha picchiati.

Quando l'auto porta via quelli che si sono arresi, un camion dei pompieri con una gru si dirige verso il rifugio e inizia a rovinare l'edificio. Solo Isana e Tamakiti rimasero nel rifugio. Isana scende nel bunker. Mettendo i piedi per terra, ascolta il film con urla di balene. L'acqua schizza da terra come una fontana: emessa da un'autopompa antincendio, trapelava sotto le fondamenta e si ostruiva nel punto in cui si trovava il buco nel pavimento. Il tombino si alza, si sentono colpi. Isana risponde. L'acqua sale sempre più in alto. Rivolgendosi alle anime degli alberi e delle balene, Isana manda loro l'ultimo perdono e muore.