L'azione si svolge a Mosca nel 1584 e inizia una lite nella Duma di Boyarsky: Mikhail Nagoy, fratello della zarina Maria Fedorovna, discute per un posto con Saltykov e attira i rimanenti boiardi in swara. Zakharyin-Yuriev, il fratello della moglie del primo zar, risolve le controversie, parlando dell'importanza di raccogliere il loro caso: John, tormentato dal rimorso dopo l'omicidio di suo figlio, ha deciso di prendere il rango monastico e ha incaricato la Duma di scegliere un successore. Nel frattempo, "i nemici stanno combattendo la Russia da tutte le parti", in essa pestilenza e carestia. Il principe Mstislavsky parla della durezza del re nella sua decisione. Nagoya offre al giovane Dmitry Tsarevich la regina e, se necessario, il "sovrano", che è pronto per essere; Sitsky - Zakharyin, che non si è macchiato di nulla. Zakharyin parla per Ivan Petrovich Shuisky, ora seduto nell'assediata Pskov.
Tuttavia, il re è necessario immediatamente. Zakharyin chiede consiglio a Godunov, che non si è sistemato sui posti e che si è seduto modestamente sotto. Lui, dopo aver descritto in dettaglio la posizione non invidiabile dello stato, parla dell'impossibilità di cambiare il re in quel momento e invita i boia a chiedere a Giovanni di rimanere sul trono. Sitsky, ricordando le atrocità dello zar, cerca invano di fermare i boia. Vanno allo zar, decidono lungo la strada chi parlerà e timida rabbia sovrana. Godunov si assume il rischio. John, già vestito con una tonaca nera, dopo aver tolto il cappello di Monomakh, attende nella camera da letto la decisione dei boia e si rammarica per il ricordo dell'ultimo malvagio. Un messaggero arriva da Pskov, che lo zar inizialmente fa riferimento al "nuovo signore", ma poi, sentendo che la notizia è gioiosa, sente una storia sul riflesso degli assalti e sulla ritirata di Batur da Pskov. Riceve una lettera da Kurbsky, in cui rimprovera lo zar con una sillaba imbarazzante, minaccia la rapida cattura di Pskov, molte delle atrocità di John chiamano la causa delle sue attuali sconfitte e ricordano velenosamente la sua rimozione dal mondo degli affari. John cade in una rabbia, poiché, avendo distrutto tutti i parenti di Kurbsky, è impotente a sopportare il suo dispiacere per chiunque. Arrivano i boiardi, che il re incontra con grande irritazione. Dopo aver ascoltato un breve discorso di Godunov, indossa il cappello di Monomakhov, rimproverando i boia che lo hanno costretto a farlo, e bacia Godunov, che ha pronunciato discorsi audaci e sfacciati "per il bene dello stato". L'assenza di Sitsky non passa inosservata e lo zar, non volendo ascoltare gli intercessori, ordina l'esecuzione.
Godunov e Zakharyin aspettano John nelle camere dello zar e Godunov afferma che il re, volendo divorziare dalla regina, corteggia la nipote della regina inglese. Zakharyin indignato chiede come Godunov abbia cercato di dissuadere John, e riceve la risposta che può influenzare John solo in modo indiretto. John entra e riferisce della rivolta delle truppe polacche vicino a Pskov e delle aspettative di un ambasciatore di Varsavia, inviato, a suo parere, per chiedere la pace. Ordina a Zakharyin di informare la gente di questo messaggio. Dice a Godunov di discutere con l'ambasciatore inglese le condizioni per l'imminente matrimonio. Cerca di intercedere per la regina e riceve un rimprovero arrabbiato pieno di minacce. Rimasto solo, Godunov si rimprovera per la gentilezza mostrata e rifiuta di preferire la coscienza al bene della causa. Nella casa di Vasily Ivanovich Shuisky, i boia Mstislavsky, Belsky e i fratelli Nagoy cospirano per distruggere Godunov. Decidono, approfittando dell'irritazione della gente, di incolpare Godunov di tutti i problemi e Shuisky offre a Mikhail Bityagovsky di realizzare il piano. Si impegna a ribellarsi al popolo e ad incitarlo a uccidere. Belsky propone di inviare Prokofy Kikin per lo stesso. Godunov arriva. Gli ospiti si disperdono in fretta. Godunov si lamenta con Shuisky di non essere amato nella Duma, Shuisky gli assicura la sua disposizione e il suo sostegno e se ne va, improvvisamente chiamato dallo zar. Godunov, lasciato solo con Bityagovsky, scopre la sua perfetta conoscenza delle sue intenzioni e, minacciandolo con esecuzioni senza precedenti, lo manda nelle stesse piazze per convincere il popolo contro Shuisky e Belsky, che vogliono "avvelenare il re con il veleno".
Nel frattempo, la zarina non ordina alla madre dello tsarevich di permettere a qualcun altro di venire da lui, e soprattutto Godunov, si fida solo di Nikita Romanovich Zakharyin. Zakharyin arriva. La regina gli racconta delle voci sul palazzo e chiede se il suo sospetto non è vero che il re vuole lasciarla con Demetrio. Zakharyin le chiede di essere pronta a tutto, allo zar di non discutere e fidarsi di Godunov. John viene con Godunov e, aspettando che la regina si vesti, ascolta le condizioni dell'ambasciatore inglese e chiede dei polacchi che sono arrivati dopo Garaburd, chiedendosi quali terre promettono la Polonia per la pace e non voler ascoltare le paure riguardo allo scopo di questa ambasciata. La regina che è entrata, annuncia l'imminente divorzio. tonsurato, Dimitri promette l'eredità di UGLICH e, dopo aver sentito l'intercessione di Zakharyin, lo minaccia di esecuzione. Nella sala del trono, John riceve l'ambasciatore polacco a Garaburda. Le richieste di Batur sono così umilianti (portare Smolensk, Polotsk, Novgorod e Pskov fuori dal reggimento di Livonia e consegnare la Polonia alla Polonia) che, con un mormorio generale, lo zar cade di rabbia e, dopo aver ascoltato l'invito del re polacco alle arti marziali, sta per dare la caccia al suo ambasciatore con cani e lanciarlo ascia. Garaburda nota che John non è a conoscenza della notizia dello schiacciamento dei reggimenti russi al confine, degli svedesi che prendono Narova e della loro campagna congiunta con Batur a Novgorod e, dopo aver promesso a John un incontro con il re a Mosca, parte. Godunov, che è entrato, conferma tutti i messaggi di Garaburda, ma lo zar ordina di appendere falsi messaggeri e di servire preghiere vittoriose in tutte le chiese.
Sulla piazza di Zamoskvorechye, la folla è preoccupata di fronte al magazzino, indignata per il prezzo del pane, gli ufficiali giudiziari che prendono tangenti e il fatto che il re non esegua i trasgressori. Kikin appare, vestito da straniero, incolpa Godunov e fa riferimento al segno di Dio, "una stella insanguinata e dalla coda". Dice di aver visto un miracolo a Kiev: la croce di Sophia in fiamme e la voce che chiede a Godunov di alzarsi, si sentono voci in difesa di Godunov, voci che chiamano per battere i difensori e, infine, la voce di Bityagovsky, che è spalancato nel caftano con una canzone cancellata sulle labbra. Dice che Shuisky e Belsky avrebbero avvelenato il re, ma Godunov lanciò la torta avvelenata al cane. Quando Bityagovsky è perplesso per un vagabondo che ha visto un miracolo, lo chiama per nome e dice che è stato inviato di proposito. Appare Grigory Godunov, che annuncia che Boris Godunov sta acquistando tutte le forniture dal proprio tesoro e le distribuirà domani senza contanti. La gente si precipita a Kikin. Nelle camere reali, la regina, la sorella di Godunov, Irina e sua moglie Maria, stanno guardando la cometa. Il re la guarda dalla veranda. I magi e i maghi furono portati a scoprire a cosa serviva la cometa. John appare e dichiara di aver capito il segno: la cometa annuncia la sua morte. Chiede perdono alla regina e, desiderando conoscere esattamente l'ora della morte, per non morire senza pentimento, invoca i magi. Chiamano il giorno di Kirillin. Su richiesta dello zar Godunov, legge il sinodico, in cui sono elencate le sue vittime, Giovanni completa l'elenco. Un maggiordomo arriva da Sloboda con un messaggio che in una giornata invernale il palazzo è stato incendiato da un fulmine. Scosso, John chiede perdono a tutti, prega appassionatamente e chiede a Fedor come governerà, ma Fedor chiede di mettere qualcun altro nel regno. Portano due lettere: sull'approccio del Khan a Mosca e sulla rivolta intorno a Kazan. Portano uno schemnik che vive in isolamento da trent'anni. John, lasciato solo con lui, parla delle disgrazie che hanno colpito la Russia e chiede consigli. Lo schema chiama molte persone che sono in grado di resistere al nemico: sono tutte distrutte dal re. Parla di un principe, ma il principe è morto. Dopo aver guidato lo intrigatore, John costringe i boiardi di Mstislavsky, Belsky, Zakharyin e Godunov a baciare la croce in quanto serviranno Fedor, e il quinto nomina Ivan Petrovich Shuisky se sopravvive vicino a Pskov. Manda ambasciatori in Lituania per concludere la pace con Batur nelle condizioni più umilianti, credendo che dopo la sua morte Batur chiederà ancora di più e desiderando con la sua inaudita umiliazione di espiare i peccati.
A Cirillo, il giorno del re è migliore. Godunov chiama segretamente le streghe e dicono che la giornata non è ancora finita. Godunov è predetto dal trono imperiale, le tre stelle che lo separano dalla grandezza della stella e il suo principale misterioso avversario sono commemorati ("debole, ma potente - innocente, ma colpevole - non se stesso", "ucciso, ma vivo"). Il Dr. Jacobi arriva, rispondendo a Godunov, che lo zar deve essere protetto dall'irritazione, e per questo Belsky chiamò i buffoni. Godunov accetta Bityagovsky e scopre che il popolo è amareggiato contro Shuisky e Belsky. Nel frattempo, John esamina i tesori, in cerca di regali per la regina e la sposa inglesi, un giullare gira vicino al re, i bufali nelle camere vicine attendono un cartello. Il giorno successivo lo zar nomina l'esecuzione dei Magi e manda Boris ad annunciarli. È trionfante, ma sospettoso e incline all'irritazione; Dopo essersi seduto a giocare a scacchi con Belsky, lascia cadere il re. Godunov ritorna e, avendo condotto il re alla frenesia con un silenzio significativo, annuncia la risposta dei Magi che la loro scienza è affidabile e che Kirillin non ha ancora superato la giornata. In preda alla rabbia, John definisce Godunov un traditore, lo accusa di un tentativo sulla sua vita, chiama i carnefici e cade. Confusione generale. Il re chiama il confessore, i boia - i dottori, gestiscono erroneamente i bufali. John sta morendo. La gente nella piazza sta gridando che il re è stato molestato da Shuisky e Belsky, e lo sconcertato Fedor affida spiegazioni a Godunov. Godunov manda in esilio i boiardi, Mstislavsky, che, insieme a Nagy, Bityagovsky accusa di guai, il monastero, Nagih - nell'UGLICH insieme a Tsaritsa e Demetrius. Fedor, singhiozzando, abbraccia Godunov. Le persone in piazza lodano entrambi.
