Marzo 1865. Negli Stati Uniti, durante la guerra civile, cinque temerari-nordisti fuggono un pallone dai meridionali di Richmond. Una terribile tempesta lancia quattro di loro sulla riva di un'isola disabitata nell'emisfero meridionale. Il quinto uomo e il suo cane si nascondono nel mare al largo della costa. Questo quinto - un certo Cyres Smith, un ingegnere e scienziato di talento, anima e leader di un distaccamento di viaggiatori - mantiene inconsapevolmente i suoi compagni in tensione per diversi giorni, che da nessuna parte può trovare né lui né il cane Top a lui dedicato. L'ex schiavo soffre soprattutto, e il servitore ormai fedele di Smith è il Negro Nab. Nel pallone c'erano anche un giornalista di guerra e l'amico di Smith, Gideon Spilet, una persona molto energica e decisa con una mente ribollente; il marinaio Pencrof, un temerario bonario e avventuroso; Il quindicenne Harbert Brown, il figlio del capitano della nave su cui Pencroff salpò, rimase orfano e per il quale il marinaio considera suo figlio. Dopo una stancante ricerca, Nab trova finalmente il suo ospite inspiegabilmente salvato, a un miglio dalla costa. Ognuno dei nuovi coloni dell'isola ha talenti insostituibili e, sotto la guida di Cyres e Spilet, queste persone coraggiose si radunano e diventano una squadra unita. In primo luogo, con l'aiuto dei mezzi più semplici a portata di mano, quindi producendo nelle loro piccole fabbriche oggetti sempre più complessi di lavoro e beni per la casa, i coloni attrezzano le loro vite. Cacciano, raccolgono piante commestibili, ostriche e poi allevano anche animali domestici e si dedicano all'agricoltura. Si sistemano da soli in alto nella roccia, in una grotta liberata dall'acqua. Presto, grazie alla loro operosità e intelligenza, i coloni non conoscono più la necessità di cibo, vestiario, calore e conforto. Hanno tutto tranne le notizie sulla loro terra natale, il destino di cui sono molto preoccupati.
Una volta, tornando alla loro dimora, da loro chiamata il Granite Palace, vedono che le scimmie stanno dominando all'interno. Dopo qualche tempo, come sotto l'influenza della folle paura, le scimmie iniziano a saltare fuori dalle finestre e la mano di qualcuno lancia la scala di corda che le scimmie hanno sollevato in casa. All'interno, le persone trovano un'altra scimmia - un orangutan, che tengono e chiamano zio Jupe. In futuro, Jupe diventerà un amico, un servitore e un aiuto indispensabile per le persone.
Un altro giorno, i coloni trovano nella sabbia una scatola con strumenti, armi da fuoco, vari elettrodomestici, vestiti, utensili da cucina e libri in inglese. I coloni si chiedono da dove provenga questa scatola. Dalla mappa, che è anche apparsa in una scatola, scoprono che accanto alla loro isola, sulla mappa non segnata, si trova l'isola di Tabor. Il marinaio Pencrof è ansioso di andare da lui. Con l'aiuto dei suoi amici, crea un robot. Quando il robot è pronto, tutti insieme lo fanno per un viaggio di prova intorno all'isola. Durante questo, trovano una bottiglia con una nota che dice che l'uomo naufragato sta aspettando la salvezza sull'isola di Tabor. Questo evento rafforza la fiducia di Pencroff nel visitare un'isola vicina. Pencrof, la giornalista Gideon Spilet e Harbert salparono. Arrivati a Tabor, scoprono una piccola baracca dove, per tutte le indicazioni, nessuno vive da molto tempo. Si sparpagliano per l'isola, senza sperare di vedere una persona vivente, e cercano di trovare almeno i suoi resti. All'improvviso sentono Harbert urlare e correre in suo aiuto. Vedono Harbert alle prese con una specie di creatura cresciuta nelle scimmie. Tuttavia, la scimmia si rivela essere un uomo selvaggio. I viaggiatori lo legano e lo trasportano sulla loro isola. Gli danno una stanza separata nel Granite Palace. Grazie alla loro attenzione e preoccupazione, il selvaggio si trasforma presto in un uomo civile e racconta loro la sua storia. Si scopre che si chiama Ayrton, è un ex criminale, voleva prendere possesso della nave a vela Duncan e con l'aiuto delle stesse feccia della società si trasformò in una nave pirata. Tuttavia, i suoi piani non erano destinati a diventare realtà, e come punizione dodici anni fa fu lasciato sull'isola disabitata di Tabor, in modo da realizzare la sua azione e espiare il suo peccato. Tuttavia, il proprietario del "Duncan" Eduard Glenarvan disse che un giorno sarebbe tornato per Ayrton. I coloni vedono che Ayrton si pente sinceramente dei suoi peccati passati e cerca di esservi utile in tutti i modi. Pertanto, non sono propensi a giudicarlo per colpa passata e ad accettarlo volentieri nella loro società. Tuttavia, Ayrton ha bisogno di tempo, e quindi chiede l'opportunità di vivere nel corallo che i coloni hanno costruito per i loro animali domestici a una certa distanza dal Granite Palace.
Quando il robot tornò alla tempesta dall'Isola Tabor di notte, fu salvato da un falò che, come pensavano, quelli che vi navigavano, furono accesi dai loro amici. Tuttavia, si scopre che non erano coinvolti in questo. Si scopre anche che Ayrton non ha gettato una bottiglia di nota in mare. I coloni non possono spiegare questi misteriosi eventi. Sono sempre più propensi all'idea che oltre a loro, sull'isola di Lincoln, come lo hanno battezzato, c'è qualcun altro che vive, il loro misterioso benefattore, che spesso viene in loro aiuto nelle situazioni più difficili. Si imbarcano anche in una spedizione di ricerca nella speranza di trovare il suo luogo di residenza. Tuttavia, la ricerca termina senza risultati.
L'estate successiva (dal momento in cui Ayrton è apparso sulla loro isola, e prima che raccontasse loro la sua storia, sono già passati cinque mesi e l'estate è finita, ed è pericoloso navigare nella stagione fredda), decidono di tornare a Isole Tabor per lasciare un biglietto nella capanna. Nella nota, intendono avvertire il capitano Glenarvan se ritorna che Ayrton e altre cinque vittime distrutte stanno aspettando aiuto su un'isola vicina.
I coloni vivono sulla loro isola da tre anni. La loro vita, la loro economia ha raggiunto la prosperità. Stanno già raccogliendo ricche colture di grano coltivate da un singolo grano, che è stato trovato nella tasca di Harbert tre anni fa, hanno costruito un mulino, allevato pollame, completamente attrezzato la loro abitazione, fatto nuovi vestiti caldi e coperte per loro stessi da lana di muflone. Tuttavia, la loro vita pacifica è oscurata da un incidente che li minaccia di morte. Una volta, guardando il mare, vedono in lontananza una nave ben equipaggiata, ma una bandiera nera vola sopra la nave. La nave si ancora al largo della costa. Mostra bellissime armi a lungo raggio. Ayrton si intrufola nella nave sotto copertura della notte per effettuare la ricognizione. Si scopre che ci sono cinquanta pirati sulla nave. Scivolando miracolosamente da loro, Ayrton ritorna sulla riva e informa i suoi amici che devono prepararsi per la battaglia. La mattina seguente due barche scendono dalla nave. Il primo, i coloni sparano a tre, e lei ritorna, la seconda atterra sulla spiaggia e i sei pirati rimasti sulla sua pelle nella foresta. I cannoni sono bruciati dalla nave e si avvicina ancora di più alla riva. Sembra che nulla abbia il potere di salvare una manciata di coloni. All'improvviso un'enorme onda si alza sotto la nave e affonda. Tutti i pirati su di esso muoiono. Come risulta più tardi, la nave è stata fatta saltare in aria da una miniera e questo evento alla fine convince gli abitanti dell'isola che non sono soli qui.
All'inizio non stermineranno i pirati, volendo dare loro l'opportunità di condurre una vita pacifica. Ma si scopre che i ladri non sono in grado di farlo. Cominciano a derubare e bruciare le famiglie dei coloni. Ayrton va nel corallo per visitare gli animali. I pirati lo afferrano e lo portano in una grotta, dove vogliono torturarlo per accettare di andare dalla loro parte con la tortura. Ayrton non si arrende. I suoi amici vanno in suo aiuto, ma sono gravemente feriti nel corallo di Harbert, e i suoi amici rimangono in lui, incapaci di tornare con il giovane che stava morendo. Dopo alcuni giorni, partono ancora per il Granite Palace. Come risultato della transizione, Harbert inizia una febbre maligna, è alla morte. Ancora una volta, la provvidenza interviene nelle loro vite e la mano del loro buon misterioso amico lancia loro la medicina necessaria. Harbert si sta riprendendo completamente. I coloni intendono consegnare il colpo finale ai pirati. Vanno nel corallo, dove intendono trovarli, ma trovano Ayrton, che è sfinito e a malapena vivo, e nelle vicinanze, i cadaveri dei ladri. Ayrton riferisce di non sapere come sia finito nel corallo, che lo ha portato dalla caverna e ucciso i pirati. Tuttavia, riporta una triste notizia. Una settimana fa, i banditi sono andati in mare, ma, non sapendo come controllare il robot, lo hanno rotto sulle scogliere costiere. Il viaggio a Tabor deve essere posticipato fino alla costruzione di un nuovo veicolo. Nei sette mesi successivi, il misterioso straniero non si fa sentire. Nel frattempo, un vulcano si sveglia sull'isola, che i coloni pensavano fosse già morta. Stanno costruendo una nuova nave di grandi dimensioni, che, se necessario, potrebbe consegnarli a terra abitata.
Una sera, già preparandosi per andare a letto, gli abitanti del Granite Palace sentono un campanello. Il telegrafo che hanno trascorso dal corallo a casa loro sta funzionando. Sono urgentemente chiamati nel corallo. Lì trovano una nota che chiede loro di andare lungo il filo extra. Il cavo li conduce in un'enorme grotta dove, con loro grande sorpresa, vedono un sottomarino. In esso si incontrano con il loro padrone e il loro patrono, il capitano Nemo, il principe indiano Dakkar, che ha combattuto per l'indipendenza della sua terra natale per tutta la vita. Lui, già un sessantenne che ha seppellito tutti i suoi associati, è vicino alla morte. Nemo dà ai nuovi amici una bara con gioielli e avverte che quando il vulcano esplode, l'isola (tale è la sua struttura) esploderà. Muore, i coloni sollevano i boccaporti della barca e la abbassano sott'acqua, e costruiscono instancabilmente la nuova nave tutto il giorno. Tuttavia, non hanno tempo di finirlo. Tutta la vita perisce durante l'esplosione dell'isola, da cui rimane solo una piccola scogliera nell'oceano. I coloni, che hanno trascorso la notte in una tenda sulla riva, sono gettati in mare da un'onda d'aria. Tutti loro, ad eccezione di Jupe, rimangono vivi. Per più di dieci giorni sono stati seduti sulla scogliera, quasi morendo di fame e non sperando più in nulla. All'improvviso vedono una nave. Questo è Duncan. Salva tutti. Come si scopre in seguito, il Capitano Nemo, mentre il robot era ancora intatto, si avvicinò a Tabor e lasciò una nota ai soccorritori.
Tornando in America per i gioielli donati dal Capitano Nemo, gli amici acquistano un grande pezzo di terra e vivono su di esso nello stesso modo in cui vivevano a Lincoln Island.