Nella casa di Ivan Petrovich Shuisky, alla presenza di molti ecclesiastici e di alcuni boyar, decidono di divorziare da Fyodor Ioannovich con la zarina, sorella di Godunova, grazie alla quale, a detta di tutti, Boris è tenuta. Compongono un documento in cui, ricordando la sterilità della regina e l'infanzia di Demetrio, chiedono al re di entrare in un nuovo matrimonio. Golovin suggerisce a Shuisky la possibilità di mettere Demetrio al posto di Fedor, ma riceve un severo rifiuto. La principessa Mstislavskaya porta gli ospiti in giro, beve la salute di Fedor. Shakhovsky, sposo di Mstislavskaya, il matchmaker Volokhov chiama il luogo dell'incontro segreto. Ivan Petrovich invia una petizione al metropolita, lamentando la necessità di distruggere la regina. Fedyuk Starkov, il suo maggiordomo, racconta ciò che Godunov ha visto. Avendo ricevuto da Uglich informazioni sulla relazione di Golovin con Nagimi e vedendo una minaccia al suo potere, annuncia ai suoi sostenitori, Lup-Kleshnin e il Principe Turenin, la decisione di riconciliarsi con Shuisky. Fyodor arriva, lamentandosi di un cavallo ferito. Appare Tsarina Irina, che Fedor riferisce maliziosamente della bellezza Mstislavskaya, che ha visto in chiesa, e assicura immediatamente alla Tsarina che è più bella per lui di tutti gli altri. Godunov parla del desiderio di riconciliarsi con Shuisky e lo zar affronta volentieri la questione.
Fedor annuncia la sua intenzione di riconciliare Godunov con Shuisky e chiede aiuto al metropolita Dionigi e ad altri membri del clero. Dionigi accusa Godunov di opprimere la chiesa, indulgente con gli eretici e riprendere la riscossione delle tasse da cui la chiesa fu liberata. Godunov gli presenta lettere protettive e rapporti sulla persecuzione dell'eresia intrapresa. Il re chiede supporto a Irina e ai boiari. Accompagnato dal popolare entusiasmo, arriva Ivan Petrovich Shuisky. Fedor lo rimprovera per non aver visitato la Duma, Shuisky è scoraggiato dall'impossibilità di assentire Godunov. Fyodor, ricordando le Scritture e chiamando i sacerdoti come testimoni, parla dei benefici della riconciliazione e Godunov, obbediente a lui, offre il consenso di Shuisky. Shuisky lo rimprovera per non voler condividere il controllo statale, che John ha lasciato in eredità a cinque boyar: Zakharyin (deceduto), Mstislavsky (tonsurato con forza), Belsky (esiliato), Godunov e Shuisky. Godunov, giustificandosi, parla dell'arroganza di Shuisky, che ha usato il solo potere a beneficio della Russia, come dimostrato anche da; aggiunge che il difficile compito di mettere in ordine uno stato frustrato era proprio Shuysky. E quando Ivan Petrovich definisce il suo metropolita un sostenitore, riferisce delle azioni di Godunov a favore della chiesa e inclina Shuisky alla pace. Irina, mostrando la sua copertina ricamata per il santuario di Pskov, ammette che questa è la sua promessa di preghiera per la salvezza di Shuisky, una volta assediata dai lituani a Pskov. Un eccitato Shuisky è pronto a dimenticare l'antica inimicizia, ma pretende da Godunov garanzie di sicurezza per i suoi associati. Godunov giura e bacia la croce. Invitano gli eletti dalla folla portata da Shuisky. Fyodor parla con il vecchio e non sa come fermarlo, nel nipote riconosce il mercante Krasilnikov, che lo stava divertendo di recente con un combattimento con gli orsi, ricorda suo fratello Golub, che sconfisse Shakhovsky in pugni - Godunov e Shuisky non riuscirono immediatamente a riportare lo zar a ciò che gli elettori erano chiamati . Shuisky annuncia una riconciliazione con Godunov, i mercanti sono preoccupati ("Stai riconciliando le nostre teste"), Shuisky è infastidito dalla sua sfiducia nei confronti della persona che ha appena giurato sulla croce. I mercanti chiedono protezione da Godunov, il re, ma li manda a Boris. Boris ordina silenziosamente di annotare i nomi dei mercanti.
Di notte nel giardino della principessa Shuisky Mstislavskaya e Vasilisa Volokhova aspettiamo Shakhovsky. Viene, parla dell'amore, dell'impazienza con cui il matrimonio attende, la ride e scherza con lei. Krasilnikov arriva correndo, lasciando entrare, Shakhovsky si nasconde, chiama Ivan Petrovich e riferisce che tutti coloro che erano con lo zar furono catturati per ordine di Godunov. Lo scioccato Shuisky ordina a Mosca di salire a Godunov. Aveva accennato a Dimitri Golovin che si staccava bruscamente e, dicendo che Boris si era ingannato, si era recato allo Zar. I restanti boiardi, nel frattempo, stanno discutendo della petizione, in cerca di una nuova regina. Vasily Shuisky chiama la principessa Mstislavskaya. Suo fratello non decise immediatamente, volendo trovare almeno una ragione per una lite con Shakhovsky. Mentre esita, Golovin scrive il nome della principessa in una petizione. Appare Shakhovskaya, che dichiara che non rinuncerà alla sposa. Si trovano anche la principessa e Volokhova. Con un grido generale, minacce e rimproveri reciproci, Shakhovskaya prende una lettera e scappa. Godunov presenta agli articoli dello stato zar, il cui contenuto non viene trattato, ma concorda con le decisioni di Boris. Tsarina Irina parla di una lettera di Uglich della regina vedova con una richiesta di ritorno con Dimitri a Mosca. Fyodor affidava il caso a Boris, ma Irina chiese da lui la soluzione della "faccenda familiare"; Fedor discute con Boris ed è infastidito dalla sua tenacia. Shuisky arriva, si lamenta di Godunov. Non si sblocca, spiegando che i mercanti non sono stati presi per il passato, ma per aver cercato di sconvolgere il mondo tra lui e Shuisky. Lo zar è pronto a perdonare Godunov, credendo che semplicemente non si capissero, ma la domanda implacabile di lasciare il principe in Uglic è finalmente arrabbiata con lo zar. Godunov dice che sta cedendo il passo a Shuisky, Fedor lo supplica di restare, Shuisky, ferito dal comportamento dello zar, se ne va. Kleshnin porta la lettera di Golovin Nagim inviata da Uglich, Godunov la mostra allo zar, chiedendo che Shuisky venga preso in custodia e, possibilmente, giustiziato. In caso di fallimento, minaccia di andarsene. Fedor scioccato dopo una lunga esitazione rifiuta i servizi di Godunov.
Ivan Petrovich Shuisky consola la principessa Mstislavskaya: non le permetterà di sposare lo zar e spera che Shakhovskaya non li informi. Dopo aver mandato la principessa, accetta i boyar e i fuggitivi Krasilnikov e Dove, e, assumendo la rimozione del povero Fedor e l'intronizzazione di Demetrio, definisce i compiti di tutti. L'estraniata Godunov, seduta a casa, chiede a Kleshnin di Volokhova e ripete molte volte, "in modo che lei puttana il principe". Kleshnin manda Volokhov a UGLICH una nuova madre, gli ordina di essere protetto e suggerisce che se il principe che soffre di una risaia si ucciderà, non glielo chiederanno. Nel frattempo, Fedor non riesce a capire i documenti che gli vengono presentati. Kleshnin arriva e riferisce che Boris si è ammalato di frustrazione e Shuisky deve essere immediatamente imprigionato per la sua intenzione di elevare Demetrio al trono. Fedor non ci crede. Entra Shuisky, a cui Fedor parla di una denuncia e gli chiede di giustificarsi. Il principe rifiuta, il re insiste, Kleshnin spinge. Shuisky confessa alla ribellione. Fyodor, spaventato dal fatto che Godunov avrebbe punito Shuisky per tradimento, dichiara che lui stesso ha ordinato di mettere il principe sul trono e costringe lo Shuisky scioccato dalla stanza. Shakhovskaya irrompe nelle camere reali e chiede di restituirgli la sposa. Fedor, dopo aver visto la firma di Ivan Petrovich Shuisky, piange e non ascolta le argomentazioni di Irina sull'assurdità del giornale. Proteggendo Irina dagli insulti, firma l'ordine di Borisov, terrorizzando sia lei che Shakhovsky. Sul ponte sul fiume il vecchio ribelle alla gente per Shuisky, l'ussaro canta del suo valore. Un messaggero cavalca con la notizia dell'avanzata dei tatari. Il principe Turenin con gli arcieri porta Shuisky in prigione. Le persone, scacciate dal vecchio, vogliono liberare Shuisky, ma parla della sua colpa davanti al re "santo" e che meritano una punizione.
Kleshnin riferisce a Godunov che gli Shuiskys e i loro sostenitori sono imprigionati e presenta Vasily Ivanovich Shuisky. Trasforma la questione come se avesse avviato una petizione per il bene di Godunov. Capendo che Shuisky è nelle sue mani, Godunov lo lascia andare. Tsarina Irina arriva per intercedere per Ivan Petrovich. Godunov, rendendosi conto che Shuisky non smetterà di litigare con lui, è irremovibile. Nella piazza di fronte alla cattedrale, i mendicanti parlano di un cambiamento nella metropoli che è discutibile con Godunov, riguardo all'esecuzione di mercanti che stavano dietro Shuisky. La zarina Irina porta Mstislavskaya a chiedere Shuisky. Fedor esce dalla cattedrale, avendo servito un requiem per lo zar Ivan. La principessa si precipita ai suoi piedi. Fedor manda il Principe Turenin per Shuisky. Ma Turenin riferisce che Shuisky si è strangolato di notte, incolpa se stesso per aver trascurato (perché ha battuto la folla portata in prigione da Shakhovsky e si è sbarazzato solo sparando a Shakhovsky). Fedor si precipita su Turenin, accusandolo di aver ucciso Shuisky e lo minaccia di essere ucciso. Il messaggero porta una lettera di Uglich sulla morte del principe. Il re scioccato vuole scoprire lui stesso la verità. Arriva un messaggio sull'approccio del Khan e un assedio precoce di Mosca. Godunov si offre di inviare Kleshnin e Vasily Shuisky e Fedor è fiducioso nell'innocenza di Godunov. La principessa Mstislavskaya dice che intende tagliarsi i capelli. Fyodor, su consiglio di sua moglie, trasferirà l'intero onere del governo a Boris e, ricordando la sua intenzione di "concordare tutto, appianare tutto", piange il suo destino e il suo dovere reale.